Close

Выращивание и: выращивание и уход в открытом грунте, рассада из семян, как сохранить урожай

Содержание

выращивание и уход в открытом грунте, рассада из семян, как сохранить урожай

Содержание:

  1. Характеристики цукини
  2. Сорта цукини
  3. Посадка цукини
  4. Уход за цукини
  5. Сбор урожая

Цукини — родственник бесплодного кабачка, уже давно поселившегося на дачных участках россиян. Итальянский овощ в переводе на русский язык означает «небольшая тыковка». Считается, что кабачки и цукини родом из Америки, но наибольшую известность они получили в XIX веке, когда были привезены итальянскими эмигрантами в свою страну. Желающие собирать урожай цукини могут заниматься выращиванием и уходом в открытом грунте, даже не будучи специалистами в овощеводстве.

Характеристики цукини

Цукини — низкий кустарник, который в высоту достигает не более 120 см. Стебли растения не очень длинные, что позволяет  вырастить сразу несколько кустов цукини на 1 м2. Листья большие, темно-изумрудные. Наружная сторона ворсистая. Цветы — кремовые либо желтые. Плоды вырастают до 25 см. Цвет варьируется от темно-зеленого до желтого и даже черного. С одного куста можно собрать за сезон около 20 овощей, если правильно проводить подкормку цукини в открытом грунте.

В пищу овощ употребляется свежим и приготовленным. Помимо плодов, съедобными являются и цветы. Мякоть цукини используют для изготовления омолаживающих масок, а сам плод рекомендуют регулярно употреблять при нарушениях работы ЖКТ и болезнях печени.

Сорта цукини

Планируя собирать на даче урожай цукини, выращиванием и уходом в открытом грунте нужно заниматься после выбора конкретного сорта. Самые известные из представленных на рынке следующие:

  1. Цукеша. Результат совместной работы селекционеров России и Украины. Выращивается на Дальнем Востоке, в Среднем Поволжье и Центральном регионе. Форма куста компактная, выращивается на грядках и в тепличных условиях. От появления всходов до сбора урожая требуется всего 50 дней. С 1 м2 собирают до 12 кг цукини.
  2. Скворушка. Похож на предыдущий сорт. Созревает за 46–57 дней. Мякоть нежная, вкусная. Масса одного плода от 700 г до 1,1 кг. С 1 куста собирают более 7 кг плодов. Сорт районирован в Волго-Вятском и Центральном регионах.
  3. Куанд. Результат работы кубанских и петербургских селекционеров. Создан для выращивания в теплицах, поэтому может давать урожай в суровом климате Западно-Сибирского, Уральского, Северо-Западного и Северного региона. Созревает за 60 дней. С 1 куста получают до 24,8 кг цукини.
  4. Желтоплодный. Выращивается на грядках Центрального, Восточно-Сибирского, Дальневосточного, Северо-Кавказского и других регионов. Дает урожай через 43–62 дня. Промышленный объем урожая достигает 781 ц/га, в Краснодарском крае — около 1200 ц/га. Плод массой 0,7–1,8 кг обладает оригинальной окраской — желтая кожура покрыт густой оранжевой сеткой.

Перечисленные и другие сорта отличаются формой, окраской, сроком созревания, районированием и потребностями в уходе. Советы опытных садоводов по выращиванию рассады цукини читайте ниже в статье.

Посадка цукини

Рекомендуется заниматься посадкой в середине мая, чтобы заморозки не угрожали рассаде. Берут сухие или уже пророщенные семена. Обязательное условие — увлажненный грунт.

Допускается, чтобы на грядках до цукини выращивались: лук, капуста, зелень, томаты и корнеплоды. Не рекомендуется использовать участок, где выращивались огурцы, бахчевые и тыквенные культуры.

Подготовка почвы

Культура требовательна к плодородности почвы. В зависимости от региона, нужно добавлять те или иные удобрения:

  1. Торфяной грунт. Понадобится 2 кг компоста, 1 ведро глинистой почвы, по 1 ч. л. сульфата калия и суперфосфата, 2 ст. л. золы на 1 м2. Внести компоненты, перекопать грядки, пройти граблями и полить раствором «Росса» либо «Агрикола-5» из расчета 1 ст. л. на 10 л воды. Дозировка 3 л на 1 м2. Удобренные грядки укрывают пленкой, чтобы сберечь влагу и тепло.
  2. Глинистый грунт. Понадобится 3 кг торфа, столько же гумуса и опилок, 1 ст. л. суперфосфата и 2 ст. л. золы на 1 м2.
  3. Песчаный грунт. Понадобится 1 ведро глинистой почвы, столько же торфа, по 3 кг опилок и гумуса на 1 м2.
  4. Чернозем. Понадобится 2 кг опилок, 1 ст. л. суперфосфата и 2 ст. л. золы на 1 м2.

Перед тем, как выращивать цукини в открытом грунте, землю перекапывают и удаляют из нее корни сорняков и личинки жуков. Сроки посадки

К посевной приступают, когда грунт прогреется до +12°C. Такой период наступает примерно к середине мая. При неустойчивом характере погоды посадку откладывают на неделю. Если планируется высаживать рассаду, подходящее время — с конца мая до начала июня. Чтобы к этому сроку вырастить рассаду, посевом семян нужно заниматься в конце апреля либо в начале мая.

Посев семян на рассаду

Благодаря выращиванию цукини на рассаду, можно ускорить получение урожая и увеличить его объем. Понадобится магазинный грунт с нейтральной кислотностью. Можно самостоятельно приготовить подходящий субстрат из 50% торфа, 20% перегноя и такого же количества дерновой почвы, добавив 10% опилок. Семена рассаживают поштучно в горшочки примерно за месяц до начала выращивания цукини в открытом грунте. До появления ростков в помещении поддерживают температуру около +22°С, далее на неделю снижают до +18°С во избежание вытягивания стеблей, потом возвращают на первоначальный уровень.

Рассаду подкармливают через 10 дней после всходов раствором из 1 л воды, 3 г карбамида и 7 г суперфосфата. По прошествии месяца ростки переносят под укрытие (в первых числах мая) или на грядки (в начале июня).

Высадка в грунт

Выращивание цукини в открытом грунте начинается с подготовки лунок на расстоянии около 1 м друг от друга. Увлажняют грунт, по необходимости — удобряют, помещают в каждую лунку по 2 семечка. После появления на ростках настоящих листочков, хилые всходы удаляют или пересаживают на свободные места.

Уход за цукини

Вне зависимости от способов выращивания, правила ухода одинаковые.

Полив

Растение нуждается в регулярном умеренном поливе. Так удовлетворяется потребность цукини во влаге, но без перебора, позволяющего развиваться грибковым болезням. Желательная температура воды во время полива — до +22°С. Если использовать холодную воду, рост остановится, есть риск загнивания завязей. Если вода слишком горячая, корни получают ожог, растение погибает.

Подкормка

Выбирая, чем подкормить цукини во время цветения и на других стадиях вегетации, учитывают основные потребности культуры. Дефицит кальция чреват загниванием плодов. Чтобы не допустить этого, грядки поливают раствором из 10 л воды и 1 ч. л. кальциевой селитры. Другой важный элемент для культуры — бор. Чтобы дать растению нужный объем этого микроэлемента, используют раствор из 1 ведра воды и ½ ч. л. препарата «Бор-Актив».

Обработка от вредителей и болезней

Рекомендации садоводов о том, как правильно выращивать цукини, обязательно включают в себя советы по профилактике и борьбе с вредителями, а также распространенными заболеваниями.

Растение подвержено следующим болезням: мучнистая роса, белая гниль, мозаика. Насекомые, наносящие вред культуре: паутинный клещ, ростковая муха, медведка и тля. Профилактика заключается в поддержании оптимальной влажности грунта, прореживании посадок, применении фунгицидов и биопрепаратов от вредителей, о правилах применения которых можно узнать из других статей на сайте.

Сбор урожая

Цукини собирают по мере созревания каждые 2 дня, не реже. Именно такая периодичность позволяет получить плоды наилучшего качества и стимулировать созревание новых.

Посадка сирени, выращивание и уход

Расскажем, как проходит правильная посадка сирени, дадим рекомендации по её выращиванию и раскроем секреты ухода за ней.

Нет более популярного цветущего и самого неприхотливого кустарника, чем сирень. Посадка и уход за этим кустарником достаточно просты. Это красивые кустарники с сладким и душистым ароматом пышных цветов. В садах можно встретить сирень фиолетовую, белую, розовую. Весна не будет весной без сирени!

Посадка сирени, выращивание и уход

Посадка

Не покупайте саженцы сирени (или любых других растений) у дороги, ‘с рук’ у бабушек. Даже, если кустик приживется, то он может оказаться совсем не сортовым, а претензий предъявить будет не к кому. Есть много хороших питомников и лучше не полениться и проехать туда. Тогда вы приобретете не только настоящий сортовой саженец, но и массу советов по уходу за ним.

Если у вас достаточно места, то лучше сажать сирень несколькими кустиками рядом. Зацветая, они смотрятся намного эффектнее.

Сирень относится к кустарникам, которые могут переносить временное затенение.

Удачное время посадки сирени – сразу после цветения. Дело в том, что почки неё просыпаются очень и очень рано, еще до схода снега. Поэтому весной сирень лучше не трогать.

Посадочную яму копайте глубиной и шириной около 60 см., н. На дне устройте дренаж, например из щебня. А можете просто насыпать 3 лопаты песка. На один куст необходимо добавить 1-2 ведра компоста и 3-4 ст. л. полного минерального удобрения. Удобрение перемешайте с почвой.

Не допускайте, чтобы земля под кустом была слишком плотной и влажной, разрыхлите ее вилами или добавьте песок, опилки.

Уход 

Подкармливают кусты весной – азотосодержащими удобрениями; а дальше – фосфорно-калийными. Очень хорошо сирень откликается на внесение золы: можно рассыпать вокруг куста или размешать стакан золы в 10 литрах воды.

Для сортовой сирени уход может быть немного разнообразнее. Для буйного цветения необходимо повышать плодородие почвы, дополнительно внося перепревший навоз. Подкормку проводите раза 3 раза за сезон и не забывайте про поливы, особенно в засушливое лето. Да и сажать такую сирень лучше не в тени.

Обрезка

Обрезку делайте только через год после посадки и сразу после цветения, чтобы новые побеги успели вызреть к зиме. Большой и старый куст обрезайте поэтапно, в 2-3 года, тогда растение не получит сильного стресса и не заболеет. Обрезка у сирени, в основном, формирующая, так как этот кустарник способен переносить сильные морозы и практически не подвержен заболеваниям. Обрезая, оставляйте самые сильные и толстые побеги, они в дальнейшем будут формировать крону куста.

Сирень не боится, когда ее кисточки ломают на букеты – от этого она еще гуще цветет.

После цветения кустарник сирени еще долго будет радовать Вас своими зелеными листочками.

Размножается сирень легко. Один из простых способов корневыми отпрысками. Но можно попробовать и отводками. Для этого необходимо выбрать самый гибкий и близко расположенный к земле.

А у меня прижилась сирень от веточки, которую случайно скосили триммером. Я просто ее воткнула рядом в землю.

Полезный совет

Посадка и уход за сиренью не займет у вас много времени, поэтому ее можно использовать в качестве живой изгороди, но это при условии, что у вас участок не 6 соток. Ведь сирень наращивает корни до 20 метров в окружности, и она может забирать питание у других растений, посаженных рядом.

Удачных вам посадок и идей!

Выращивание и уход за растениями

В этом разделе вы найдете всю современную информацию от выращивания семян до сбора урожая: как, что и когда делать.

Просто, ясно и с подробными фото-инструкциями. Здесь собран весь опыт садоводства, подробно раскрыты современные технологии и проверенные домашние методы. Вы наконец-то разберетесь с таким щекотливым вопросом, как использование гербицидов и пестицидов, будете хорошо разбираться практически во всех химических средствах – а без них порой не обойтись.

Всегда мечтали выращивать в теплице грибы? Вам больше не нужно ездить на какие-то курсы и приобретать редкие книги – в этом разделе вы найдете такие знания. Из-за холодного сибирского климата дыни и клубника – редкий деликатес? Больше нет – теперь даже пальма в сибирской теплице не будет экзотикой! Слышали ли вы также о «бриллиантовых днях»? Знаете ли, что всего один женский праздник кормит год у продавцов тепличных цветов, и что от технологии выращивания последних зависит вся конечная выручка? Хотите освоить такой бизнес? Проще простого!

Возможно, также впервые вы узнаете, какое замечательное удобрение можно приготовить из обычной печной золы, банановых шкурок и прочих бытовых отходов, которые мы привыкли выбрасывать. Здесь же вы соберете для себя много отличных «дедовских» рецептов, как справиться с той или иной проблемой, причем без отравления будущего урожая! К примеру, вы знали о том, что если в углу теплицы посадить всего один кустик декоративной пихты, то больше ни один вредитель к вам не заглянет?

И наконец, этот раздел – это тепличная «скорая помощь». На тот случай, если вы открыли утром дверцу, а там:

1. Все усыпано мелкими бабочками, похожей на моль;
2. Все растения неожиданно пожелтели;
3. Все помидоры дали трещины;
4. Все листья у растений почему-то повисли;
5. На саженцы за ночь напал какой-то клещ и все пожирает.

Знакома ситуация? Больше не нужно паниковать: за 2 минуты в этом разделе вы найдете точную инструкцию и тут же станете действовать!

Счет 11 «Животные на выращивании и откорме» / КонсультантПлюс

СЧЕТ 11 «ЖИВОТНЫЕ НА ВЫРАЩИВАНИИ И ОТКОРМЕ»

 

Счет 11 «Животные на выращивании и откорме» предназначен для обобщения информации о наличии и движении принадлежащих организации молодняка животных; взрослых животных, находящихся на откорме и в нагуле; птицы; зверей; кроликов; семей пчел; животных, переданных гражданам на выращивание по договорам, а также скота, принятого от населения для продажи. Затраты по выращиванию и откорму животных учитывают на счете 20 «Основное производство», субсчете 2 «Животноводство» или 29 «Обслуживающие производства и хозяйства».

Скот и птицу учитывают по количеству голов, живой массе и стоимости на субсчетах:

11-1 «Молодняк животных»;

11-2 «Животные на откорме»;

11-3 «Птица»;

11-4 «Звери»;

11-5 «Кролики»;

11-6 «Семьи пчел»;

11-7 «Молодняк животных, переданный гражданам на выращивание по договорам»;

11-8 «Скот, принятый от населения для продажи»;

11-9 «Скот, переданный в переработку на сторону».

На субсчете 11-1 учитывают молодняк крупного рогатого скота, свиней, овец, коз, оленей и маралов, а также молодняк лошадей и других видов рабочего скота.

Аналитический учет ведут по производственным и возрастным группам:

1. Крупный рогатый скот.

КонсультантПлюс: примечание.

Нумерация пунктов дана в соответствии с официальным текстом документа.

1. Куры яичного направления: молодняк, маточное стадо несушек, промышленное стадо несушек, ремонтный молодняк.

2. Куры мясного направления: молодняк, мясные цыплята (бройлеры), маточное стадо.

3. Утки: молодняк, взрослое стадо.

4. Гуси: молодняк, взрослое стадо.

5. Индейки: молодняк, взрослое стадо.

6. Цесарки: молодняк, взрослое стадо.

7. Перепелки: молодняк, взрослое стадо.

В специализированных племенных организациях, на птицефабриках, комплексах по производству продукции животноводства, мясокомбинатах учет скота и птицы осуществляют по возрастным (технологическим) группам.

На субсчете 11-4 учитывают пушных зверей по каждому их виду и годам рождения, а кроликов — на субсчете 11-5 по породам.

На субсчете 11-6 учитывают пчелиные семьи, определенные по данным осенней проверки пасеки (аналитический учет осуществляют в целом по пасеке). После проведения весенней проверки пасеки и замены погибших пчеломаток нуклеусами оставшихся нуклеусов с запасными пчеломатками переводят в основные пчелиные семьи. На этом субсчете учитывают также соторамки, находящиеся в ульях и запасе.

Переданный гражданам на выращивание по договорам молодняк скота и птицы учитывают на балансе организации на субсчете 11-7. На этом субсчете переданный гражданам молодняк скота и птицы отражают по каждому лицу, принявшему их, а также по видам и группам скота и птицы.

Закупленные у граждан скот и птицу (живая масса за вычетом постановочной массы, то есть прирост), выращенные по договорам, на основании приемных документов приходуют по этому субсчету и кредиту субсчета 76-9 «Расчеты по прочим операциям».

На субсчете 11-8 учитывают принятый от населения для продажи скот по его видам с указанием количества голов, живой массы и стоимости (по договорным ценам) с кредита субсчета 76-7 «Расчеты с гражданами за принятые от них продукцию, скот и птицу для продажи».

Приплод молодняка продуктивного и рабочего скота, зверей, кроликов, цыплят, утят, гусят, индюшат, а также новые пчелосемьи приходуют со счета 20 «Основное производство», субсчет 2 «Животноводство»; счета 23 «Вспомогательные производства», субсчет 7 «Гужевой транспорт» на сумму приплода и прироста живой массы рабочего скота.

Оценку стоимости полученного приплода животных и птицы производят в соответствии с Методическими рекомендациями по планированию, учету и калькулированию продукции (работ, услуг) в сельском хозяйстве.

Организации, выполняющие межхозяйственные функции, купленных животных, для доращивания и откорма, принимают на баланс в оценке по договорным ценам.

При выращивании коров и нетелей на условиях межхозяйственной кооперации их учет ведут на отдельных субсчетах к счету 11. Отелившихся телок в основное стадо не переводят и учитывают на отдельном аналитическом счете «Коровы для продажи» к субсчету 11-1. Полученный приплод телят от этих коров приходуют в указанном выше порядке.

Молодняк крупного рогатого скота, не пригодный на племенные цели, продают по договорным ценам другим организациям, занимающимся откормом скота.

Продажу стельных телок и коров-первотелок организациям — участникам производят также по договорным ценам.

Приобретенных животных у других организаций отражают на дебете счета 11-1 «Животные на выращивании и откорме» в общем порядке: на отфактурованную поставщиками сумму — с кредита счета 60 «Расчеты с поставщиками и подрядчиками»; за расходы по доставке и другие расходы — с кредита соответствующих счетов. Налог на добавленную стоимость по приобретенному молодняку животных учитывают на счете 19 «Налог на добавленную стоимость по приобретенным ценностям», субсчете 3.Скотозаготовительные организации непосредственно в дебет счета 11 относят только покупную стоимость скота, а заготовительные расходы накапливают предварительно на счете 15 «Заготовление и приобретение материальных ценностей» и по выявлении всех расходов списывают их на счет 11 по соответствующим субсчетам.Животных, выбракованных из основного стада и поставленных на откорм, принимают на учет по дебету счета 11 «Животные на выращивании и откорме» с кредита счета 01 «Основные средства» (продуктивный скот по первоначальной стоимости; рабочий скот в размере фактически полученных сумм от продажи и выбраковки).Проданный без постановки на откорм взрослый рабочий скот списывают с кредита счета 01 «Основные средства» непосредственно в дебет счета 91 «Прочие доходы и расходы» по балансовой стоимости, а на сумму амортизации делают записи по дебету счета 02 «Амортизация основных средств» и кредиту счета 91 «Прочие доходы и расходы». Стоимость привеса молодняка крупного рогатого скота, свиней и прироста животных на откорме (нагуле), а также стоимость прироста живой массы молодняка животных (жеребят и др.) ежемесячно присоединяют к стоимости первоначальной массы животных. Прирост живой массы животных определяют на основании ведомостей взвешивания животных, на основе которых составляют расчет определения прироста живой массы животных. К массе животных, которая числится на конец отчетного периода, прибавляют массу выбывшего поголовья (включая павшее) и вычитают массу поголовья, которое числится на начало отчетного периода, и поступившего за отчетный период. Стоимость прироста живой массы определяют в течение отчетного года исходя из фактического прироста животных и его плановой себестоимости и относят в дебет счета 11 «Животные на выращивании и откорме» с кредита счета по учету затрат по выращиванию этих животных — 20 «Основное производство» и 23 «Вспомогательные производства».

По итогам года по указанным счетам плановую себестоимость живой массы животных корректируют до фактической себестоимости методом «красное сторно» или дополнительной записью.

Молодняк животных, переводимый в основное стадо, списывают со счета 11 «Животные на выращивании и откорме» в дебет счета 08 «Вложения во внеоборотные активы». При переводе молодняка в основное стадо одновременно дебетуют счет 01 «Основные средства» и кредитуют счет 08 «Вложения во внеоборотные активы».Выбытие на сторону животных, стоимость которых учитывают на счете 11 «Животные на выращивании и откорме» (в том числе сдача заготовительным организациям скота, выбракованного из основного стада и находящегося на откорме), отражают по кредиту счета 11 «Животные на выращивании и откорме» и дебету счета 90 «Продажи» с одновременным отражением по кредиту счета 90 «Продажи» сумм, причитающихся организации за этих животных с покупателей в корреспонденции с дебетом счета 62 «Расчеты с покупателями и заказчиками».Сумму налога на добавленную стоимость по проданным животным отражают по дебету счета 90 «Продажи» и кредиту счета 68 «Расчеты по налогам и сборам», субсчет «Расчеты по налогу на добавленную стоимость». Стоимость павших и вынужденно забитых животных, кроме павших в связи с эпизоотией или стихийными бедствиями, отражают как порчу ценностей по кредиту счета 11 «Животные на выращивании и откорме» и дебету счета 94 «Недостачи и потери от порчи ценностей». Полученные от павших и вынужденно забитых животных шкуры, рога, копыта, технические жиры и т.п. оценивают по ценам возможного использования или продажи и приходуют с кредита счета, на котором учитывают затраты по выращиванию животных. Стоимость животных, павших или забитых в связи с эпизоотией или стихийными бедствиями и иными чрезвычайными событиями, списывают с кредита счета 11 «Животные на выращивании и откорме» непосредственно в дебет счета 99 «Прибыли и убытки» как чрезвычайные расходы. По застрахованным животным в дебет счета 76 «Расчеты с разными дебиторами и кредиторами», субсчет 1 «Расчеты по личному и имущественному страхованию».Балансовую стоимость забитого в организации на мясо взрослого продуктивного скота после откорма, а также молодняка животных, птицы, зверей, кроликов отражают по кредиту счета 11 «Животные на выращивании и откорме» в дебет счета 20, субсчет 3 «Промышленное производство».

 

СЧЕТ 11 «ЖИВОТНЫЕ НА ВЫРАЩИВАНИИ И ОТКОРМЕ»

КОРРЕСПОНДИРУЕТ СО СЧЕТАМИ:

 

Содержание операции

Корреспондирующий счет

По дебету счета

 

Перевод на откорм выбракованных продуктивных животных из основного стада

Перевод молодняка животных из группы в группу, внутрихозяйственное перемещение скота и птицы, передача молодняка на выращивание гражданам по договорам

Оприходование поступивших животных от поставщиков в заготовительных и др. организациях (с применением счета 15)

Оприходование приплода продуктивного скота, прироста живой массы

То же, в части молодняка рабочего скота

Отнесение стоимости услуг вспомогательных производств по доставке молодняка животных

Расходы на продажу в снабженческих, торговых, посреднических и др. организациях

Приобретение молодняка животных от других организаций. Отнесение стоимости услуг сторонних организаций по их доставке

Отчисления на социальные нужды с начисленной суммы оплаты труда

Начисление оплаты труда работникам, занятым доставкой животных

Оприходование животных, приобретенных через подотчетных лиц

Поступление животных в порядке вклада в уставный (складочный) капитал от учредителей (участников)

Суммы претензий, не подлежащие взысканию, выявленные после акцепта платежных документов поставщиков и других организаций

Оприходование молодняка животных, принятого для продажи от населения, выращенного по договорам

Поступление животных от подразделений организации, выделенных на отдельный баланс

Отражение стоимости рабочего скота (кроме волов, буйволов, оленей), выбракованного из основного стада и поставленного на откорм

Оприходование выявленных при инвентаризации излишков скота

Скот, принятый безвозмездно от других организаций

По кредиту счета

 

Перевод молодняка животных в основное стадо

Перевод скота и птицы из группы в группу, передача молодняка на выращивание гражданам по договорам

Забой скота в организации

Поставка молодняка животных в порядке предоставленного займа, передача животных, птицы в уставный (складочный) капитал других организаций в качестве пая (долевого взноса)

Списание павших и забитых застрахованных животных в связи с эпизоотиями и стихийными бедствиями

Отражение в порядке претензий завышенной договорной стоимости поступившего молодняка животных и птицы

Передача молодняка животных подразделениям организации, выделенным на отдельный баланс

Продажа молодняка животных, выдача скота, птицы своим работникам в порядке натуральной оплаты

Безвозмездная передача животных на выращивании и откорме

Выявлены недостача, падеж скота, птицы, зверей (в том числе выращиваемых по договорам) и вынужденно забитые (за исключением падежа от эпизоотий и стихийных бедствий)

Списание стоимости павших животных, вынужденно забитых незастрахованных животных, в связи с эпизоотией и стихийными бедствиями

Можжевельник обыкновенный: выращивание и уход

Этот вид можжевельника обыкновенного, относится к хвойным породам. Часто используется в создании живых изгородей. В высоту может достигать более шести метров. У дерева присутствую шишки женские — зеленого цвета и округлой формы, и мужские — по виду напоминающие сережки с тычинками. Цветение начинается в конце мая и продолжается в течении всего лета.

А вот в сентябре появляются плоды. Они похожи на шишки и обладают ярко — красным цветом. Но плодоношения стоит ждать минимум, на пятый год. Время появления плодов может быть разным, в зависимости от вида растения. Так же можжевельник можно отнести к долгожителям, так как живет он более 300 лет. Можжевельник относится к морозоустойчивым видам, поэтому укрытие на зиму не требуется.

Посадка

Дерево не относится к требовательным. Совершенно спокойно переносит как тень, так и солнце. Ему не причинят вреда прямые солнечные лучи. Благодаря этому проблем с выбором места для посадки не возникнет. Если приобретается саженец для посадки, то его возраст не должен превышать четырех лет.

Высаживают его, как правила в последний месяц весны. За пару недель до посадки необходимо выкопать яму глубиной не менее 50 сантиметров, на дно уложить слой дренажа. Саженец высаживают так, чтобы прикорневой слой возвышался над поверхностью земли примерно на 10 сантиметров. После посадки можжевельник необходимо полить, вода должна быть теплая отстоявшаяся.

Затем прикорневой ствол присыпают торфом. Первые несколько недель необходимо следить, чтобы грунт не пересыхал. Так же нужно опрыскивать листву. Если высаживается более двух экземпляров, то расстояние между ними должно быть не менее двух метров.

Уход

Можжевельник не требует, какого то, особенного ухода. В конце осени начинается подготовка к зиме. Обрезаются старые или поврежденные ветки. Хоть он и относится к морозоустойчивым, но молодые растение на зиму стоит укрывать.

Для этого можно использовать специальный материал или лапник. Подкормка необходима весной и осенью. В первом случае используют органику, а вот во втором минеральное удобрение.

Размножение

Можжевельник растет очень медленно и зрелости может достичь к десятому году жизни. Чтобы не ждать так долго, можно размножать растение самостоятельно. Один из способов, семенной. Но он же и самый не востребованный. Дело в том, что всхожесть семян очень низкая. Самым эффективным считается черенкование

Хоть этот способ и самый распространенный, это совсем не значит, что достаточно воткнуть черенок в землю, и он начнет расти. Есть некоторые правила, при не соблюдении которых ничего не получится.

Чтобы черенок укоренился в год среза, брать его необходимо веной, как только растает снег. Некоторые заготавливают черенки в середине осени, но высадить их можно будет только весной. Для того чтобы вырастить красивое растение, нужно соблюсти ряд правил.

Для взятия черенка подойдет растение, которому не более восьми лет. Чем старше растение, тем меньше шансов у черенка обзавестись хорошей корневой системой. Черенок лучше срезать с верхних веток, которые находились часто под лучами солнца.

Можно конечно срезать его и с бокового побега, но тогда в дальнейшем куст будет расти не в высоту, а в ширину. Что же касается самого черенка, то при срезе на нем должна находиться хотя бы одна почка и треть веточки уже должна одеревенеть. Слишком молодой побег лучше не срезать, так как он вероятность его укоренения слишком мала.

Срезать черенки необходимо ранним утром, его дли должна составлять не менее 15 сантиметров. Место среза обрабатывается корневином, замачивать нельзя. Затем черенки высаживают в подготовленную почву.

Для этого в ящике с землей палкой или карандашом делается не глубокая лунка, и черенок сажается в нее под наклоном. Затем ящик укрывается пленкой. Укореняться черенки будут не менее трех месяцев. В это время их нужно раз в день проветривать, землю аккуратно опрыскивать, по мере подсыхания верхнего слоя грунта.

Если черенки находятся в доме, то поставить их лучше на подоконник, где больше всего присутствует солнце. Если же ящик с посадочным материалом стоит на улице, то молодые растения на зиму укрываются специальным материалом. С окончанием заморозков растение пересаживают в открытый грунт, в заранее подготовленные лунки.

Больше инструкций по выращиванию растений можно найти на сайте Садовый Эксперт.

Кабачки: посадка, выращивание и уход в открытом грунте

В этой публикации мы осветим актуальные вопросы выращивания кабачков. Когда, на каком расстоянии и на какую глубину сажать кабачки в открытом грунте. Можно ли высаживать их в июне. Чем подкормить кабачки после высадки и как правильно поливать.

Кабачок – гость из далекой Мексики, который отлично прижился в наших широтах. Поначалу в Европе в пищу употребляли лишь семена этого овоща, затем итальянцы рискнули попробовать мякоть и остались довольны. А сегодня самым необычным блюдом из кабачков, пожалуй, являются фаршированные цветки, которые пользуются особой популярностью у жителей Прованса.

Несмотря на неприхотливость овоща, все же существуют некоторые особенности посадки и выращивания, которые важно учитывать, если вы хотите получить богатый урожай.

Выращивание рассады кабачков

Для выращивания рассады кабачков можно купить почву в магазине или смешать 1 часть опилок, 2 части дерновой земли, 2 части компоста и 6 частей торфа. Некоторые не мудрствуют и используют для посева семян смесь песка и торфа в соотношении 1:1.

Горшочки с семенами важно поставить на солнечный подоконник, в противном случае рассада может вырасти слабой. До появления первых всходов желательно поддерживать температуру в помещении на уровне 18-25°С. Примерно через неделю проклевываются первые ростки, а через 25-30 дней растения высаживают в открытый грунт.

Непосредственно в открытый грунт кабачки необходимо высаживать с земляным комом, так как корни этого растения не любят лишнего беспокойства. Именно поэтому многие огородники при выращивании рассады кабачков используют торфяные горшочки.

Существуют скороплодные кабачки, а также сорта и гибриды среднего и позднего сроков созревания. Чтобы ваш стол не пустовал до осени, для посадки можно выбрать несколько сортов, или высаживать семена одного сорта через каждые 10 дней. Ведь сажать кабачки можно и в июне.

Посев семян и высадка рассады кабачков в открытый грунт

Почву под кабачки желательно начать готовить уже осенью, перекопав на глубину 20-25 см и внеся на 1 кв.м 30 г суперфосфата и 20 г сульфата калия.

Кабачки не стоит сажать рядом с другими растениями семейства Тыквенные, а также не рекомендуется выращивать их на одном и том же месте несколько лет подряд. А вот после картофеля, свеклы, капусты, моркови, лука или зелени кабачки будут чувствовать себя весьма неплохо.

В открытый грунт можно высаживать как семена (начало мая), так и рассаду (май-июнь) кабачков, если вы хотите получить более ранний урожай. Но все же лучше отложить посадку на время, когда минует угроза возвратных заморозков.

Предварительно необходимо выбрать в огороде теплое солнечное место и подготовить почву, как следует взрыхлив ее на глубину около 10 см, а также внеся 15 г аммиачной селитры на 1 кв.м.

При выборе и подготовке участка под кабачки необходимо учесть, что овощ недолюбливает кислые почвы с высоким уровнем грунтовых вод, а также плохо реагирует на внесение хлорсодержащих удобрений.

При посеве семена (предварительно в течение нескольких часов вымоченные в воде без хлора, а затем пророщенные во влажной салфетке) заглубляют на 3-4 см.

В открытый грунт кабачки высаживают через каждые 50-70 см, чтобы растения не испытывали дефицита питательных веществ и не мешали друг другу. Некоторые огородники опускают в одну посадочную лунку по 2-3 семечка, а после появления всходов прореживают растения, оставляя в каждой лунке по одному самому сильному и хорошо развитому.

Как отличить рассаду кабачков от тыквы или огурца

Иногда огородники переставляют рассаду с подоконника на подоконник, желая обеспечить всем растениям достаточное количество света, а потом задаются вопросом: «Как отличить рассаду кабачков от тыквы и огурца?» К сожалению, это не очень просто, однако есть некоторые характерные особенности.

У кабачков первый настоящий лист обычно очень тонкий, а стебель длинный и окрашен в бледно-зеленый цвет.

У тыквы стебель толще и короче. При этом он, а также молодые листочки окрашены в темно-зеленый цвет. К тому же обычно листья тыквы несколько больше, плотнее и грубее по текстуре, нежели у кабачка.

У огурца наиболее заметной отличительной особенностью в фазе семядольных листьев является более тонкий стебель. Когда появляются настоящие листья, кабачок и тыква начинают стремительно расти, а огурец, как правило, значительно отстает.

Уход за кабачками в открытом грунте

Поливать кабачки нужно под корень по мере подсыхания верхнего слоя почвы, обычно не чаще одного раза в 10 дней, в среднем расходуя около 10 л воды на 1 кв.м. Из-за избытка влаги кончик кабачка может начать гнить. Но если лето выдалось засушливым, и кабачки испытывают жажду, их стебли могут потрескаться и пострадать от корневой гнили. Поэтому всегда лучше ориентироваться на погодные условия. Воду для полива необходимо подогреть до 22°С или предварительно подержать на солнце, поскольку прохладная вода из колодца или колонки может стать одной из причин загнивания завязей.

Некоторые огородники советуют и вовсе прекратить полив за 7-10 дней до сбора урожая, утверждая, что в этом случае кабачки меньше подвержены гниению.

Если вы обильно поливаете кабачки в парнике или теплице, не забывайте о проветривании, потому что растение не слишком любит повышенную влажность (более 70%). Желательно также поддерживать температуру на уровне 24-26°С днем и 15°С ночью. Если не соблюдать эти простые правила, растения могут выразить свое недовольство, начав сбрасывать завязи.

Для того чтобы обеспечить достойный урожай, необходимо привлечь в огород как можно больше насекомых-опылителей. Этого можно достичь разными способами. Например, во время цветения некоторые огородники опрыскивают кабачки раствором сахара (100 г на 1 л) и борной кислоты (2 г на 10 л). Или оставляют между грядками емкости с разведенным в воде медом (1 ч.л. на стакан воды). Но существует еще более простой способ. Посадите между грядками бархатцы, которые привлекут насекомых-опылителей, обеспечат дополнительную защиту кабачкам от поражающих корни нематод и порадуют вас обильным цветением.

Когда у растений появятся 4-5 настоящих листочков, кусты необходимо окучить, чтобы вызвать рост дополнительных боковых корней. Также до смыкания листьев почву под кабачками желательно несколько раз прорыхлить и прополоть по мере необходимости.

Пустоцвет на кабачках – что делать?

Мужские цветки, которые не способны формировать завязи, в народе именуются пустоцветом. Однако это не всегда проблема, ведь такие цветки оплодотворяют цветки женского типа и вскоре сами опадают. Но иногда количество пустоцвета значительно превышает количество женских цветков. В этом случае следует обратить пристальное внимание на своих зеленых питомцев.

Причинами возникновения большого количества пустоцвета могут быть:

  • неблагоприятные погодные условия;
  • кислая почва;
  • неправильная посадка или посев семян;
  • посев свежих семян, которые склонны к образованию пустоцвета;
  • избыток азотных удобрений;
  • болезни;
  • недостаточное количество насекомых-опылителей.

Чтобы справиться с неблагоприятными погодными факторами, в холодную влажную погоду кабачки на ночь укрывают, а также опыляют женские цветки с помощью кисточки. В жару пыльцевые зерна иногда и вовсе теряют способность к оплодотворению. Чтобы этого избежать, растения поливают чистой теплой водой и опрыскивают раствором борной кислоты (2 г на 10 л воды).

Но чаще всего причиной бесплодия кабачков становятся вирус огуречной мозаики и мучнистая роса. Переносчиками вируса огуречной мозаики могут быть насекомые (тля, муравьи, колорадский жук), поэтому лучше всего обработать посадки специальными препаратами, например, Актарой или Искрой. Также важно протравливать семена перед посевом и обязательно дезинфицировать огородный инвентарь.

Для дезинфекции инструмента можно использовать темно-розовый раствор марганцовки, 5-10%-ный раствор железного купороса, Фармайод, а также различные спиртосодержащие средства

Для профилактики мучнистой росы важно не перекармливать растения азотными удобрениями. А в случае появления признаков заболевания нужно оперативно удалить пораженные листья и опрыскать кабачки подходящим фунгицидом (например, Топазом).

Для того чтобы снизить кислотность почвы, можно использовать доломитовую муку или золу (0,5 кг на 1 кв.м – при значительно повышенной кислотности, 0,3 кг – при средней степени закисленности, 0,2 кг – при слегка повышенной кислотности).

Подкормка кабачков в открытом грунте

Подкормка кабачков возможна как готовыми удобрениями, купленными в магазине, так и народными средствами. Чтобы обеспечить кабачки необходимыми микроэлементами, можно использовать смесь из 5 г суперфосфата, 2 г мочевины и 1 л воды. Первая подкормка проводится через десять дней после появления всходов, вторая – неделю спустя.

Также можно подкармливать кабачки коровяком. Для этого его разбавляют горячей водой (1:10), дают постоять 3-4 часа, затем снова разводят (1:5), после чего можно поливать растения под корень. Подкормки коровяком возможны как на этапе выращивания рассады, так и после ее высадки в открытый грунт. Предварительно растения необходимо обильно полить.

Положительно реагируют кабачки и на древесную золу, которую можно вносить при высадке рассады (около 1 ст.л. в каждую лунку), а также под перекопку (1 стакан золы на 1 кв.м).

 

В качестве альтернативы золе при подкормке кабачков можно использовать яичную скорлупу

Из народных средств неплохо себя зарекомендовала подкормка дрожжами, которая также помогает привлечь некоторых насекомых-опылителей. 30 г дрожжей и полстакана сахара заливают 3 л воды и оставляют на солнце до появления признаков брожения. После чего настой разбавляют 10 л воды и поливают данным составом растения. Иногда вместо дрожжей используют засохшие хлебные корки, которые настаивают по тому же рецепту.

Значительное количество питательных веществ вашим кабачкам подарит и настой сорняков. Приготовить его несложно. Для этого понадобится бочка, которую наполняют сорняками на 1/2 или на 3/4, доливают воду и, накрыв полиэтиленом, оставляют на солнце на 1-1,5 недели. Перед использованием настой нужно разбавить водой 1:10.

Теперь, когда вы ознакомились с нашими советами о посадке кабачков в открытый грунт (рассадой и семенами), а также узнали о некоторых особенностях ухода за этими растениями, самое время выбирать посадочный материал. Лучшие сорта кабачков с фото и описаниями вы найдете в наших предыдущих материалах.

Черемуха: выращивание и использование

С приходом устойчивого тепла весной зацветает черемуха. Ее сладкий, волнующий, аромат наполняет все окрестные уголки. Да и само дерево выглядит очень нарядно, усыпанное кистевидными белыми соцветиями. А с приходом осени вместо цветов появляются гроздья черных ягод, напоминающих бусинки. И дети, и взрослые не могут пройти мимо, чтобы не сорвать и не съесть горсть этих сочных, сладко-терпких плодов с мелкими жесткими косточками. За красоту, неприхотливость и целебные свойства черемуху любят в России и с удовольствием выращивают.

Интересные факты:

Черемуха известна человеку еще с доисторических времен, что доказали найденные косточки растения при археологических раскопках.

По одной из легенд когда-то черемуха посочувствовала девушке, сердце которой оледенело после измены любимого, поэтому цветение дерева всегда совпадает с похолоданием.

Во время Великой Отечественной войны фронтовые врачи и партизаны использовали сок ягод, как обеззараживающее и ранозаживляющее средство.

Описание растения

Черемуха обыкновенная – дерево или кустарник, высотой от 2 до 10 м. Вид является представителем семейства розовые, рода Слива. Ареал произрастания ее очень обширный. Черемуха встречается по всему миру в условиях умеренного климата. Растение предпочитает влажные, богатые биогумусом, почвы с близким залеганием грунтовых вод. Встречается на лесных опушках, прогалинах и вдоль берегов рек.

Молодые побеги имеют черно-серый оттенок коры. У взрослых ветвей он меняется на вишнево-коричневый, на котором четко видны светловатые чечевички. Листья эллипсовидной формы, удлиненные, заостренные, с гладкой поверхностью и короткими черешками. Длина пластин достигает 6-12 см, а ширина – 2-6 см.

Цветки простые, состоящие из 5 белых лепестков, в центре которых можно увидеть многочисленные желтые тычинки. Бутоны собраны в поникающие кистевидные соцветия длиной до 12 см. При распускании они источают насыщенный аромат, который усиливается в жару и вечернее время. Зацветает черемуха в конце апреля – середине мая.

В конце лета или ранней осенью созревают плоды – круглые блестящие ягоды-костянки черного или красноватого цвета диаметром 0,5 -1,0 см.Их можно употреблять в свежем виде, а также готовить из ягод джемы, соки, вино, ликеры. На вкус плоды сладковатые с вяжущим эффектом,что обусловлено высоким содержанием дубильных веществ. Плоды, листья и кору черемухи можно использовать в лечебных целях. По своим свойствам и химическому составу они очень схожи с черникой. Отвары на их основе помогаютукрепить иммунитет, улучшить зрение, наладить работу пищеварительного тракта, быстрее излечить кожные заболевания.

Популярные виды и сорта

В декоративном и плодовом садоводстве помимо черемухи обыкновенной широко используются культурные сорта и разновидности.

Среди них:

1. Виргинская. Дерево высотой 15 м, распространено в Северной Америке, плоды съедобные темно-красного оттенка. Наиболее известные сорта: «Атропурпуреа», «Рассвет», «Тайга», «Нарым», «Шуберт»;

2. Мелкопильчатая. Этот вид использовали для выведения японской сакуры. Высота дерева до 25 м, форма кроны яйцевидная. Цветы белые с «розовинкой», диаметром до 3 см, собраны в соцветия по 3-4 шт.;

3. Азиатская. Отличается морозоустойчивостью до -40 градусов. Представляет собой дерево, высотой 15 м. На ее молодых побегах есть рыжеватая опушка;

4. Особой популярностью пользуется розовая черемуха Колората. Она была выведена в Швеции. Дерево вырастает до 5 м и отличается насыщенно-розовым оттенком пышных соцветий.

Агротехника выращивания

Посадку саженца рекомендуется проводить ранней весной до начала вегетации. При этом корневую шейку растения заглублять не нужно. Для регулярного плодоношения следует высаживать два растения на расстоянии 3-5 м.Размещать саженцы необходимо на хорошо освещенных участках.

Уход за черемухой сводится к регулярным поливам при длительном отсутствии дождей. В период засухи прикорневой круг лучше мульчировать торфом или перегноем, чтобы сохранить влагу в почве. Удобрять черемуху следует дважды за сезон. Первую подкормку проводят ранней весной, используя органику. А вторую – после сбора урожая, применяя фосфорно-калийные минеральные смеси.В утеплении на зиму черемуха не нуждается.

Применение в ландшафтном дизайне

Высаживать черемуху можно в любом уголке сада. Она хорошо смотрится в одиночных и групповых посадках. Также подходит культура и для создания аллей вдоль парковых дорожек. Среди наиболее желанных партнеров черемухи — рябина, калина, береза, чубушник и сирень.

Выращивание культур в раннем голоцене и изменение ландшафта в Амазонии

  • 1.

    Larson, G. et al. Современные перспективы и будущее исследований приручения. Proc. Natl Acad. Sci. США 111 , 6139–6146 (2014).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 2.

    Зохари Д. и Хопф М. Одомашнивание растений в Старом Свете: происхождение и распространение культурных растений в Западной Азии, Европе и долине Нила (Oxford Univ.Press, 2000).

  • 3.

    Зедер М.А., Брэдли Д.Г., Смит Б.Д. и Эмшвиллер Э. Документирование одомашнивания: новые генетические и археологические парадигмы (Univ. California Press, 2006).

  • 4.

    Пиперно Д. Р. и Пирсолл Д. М. Истоки сельского хозяйства в низинных неотропиках (Academic, 1998).

  • 5.

    Пиперно Д. Р. Истоки выращивания и одомашнивания растений в тропиках Нового Света: модели, процессы и новые разработки. Curr. Антрополь . 52 , S453 – S470 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 6.

    Клемент, К. Р., де Кристо-Араужу, М., д’Экенбрюгге, Г. К., Алвес Перейра, А. и Пикансо-Родригес, Д. Происхождение и одомашнивание местных амазонских культур. Diversity (Базель) 2 , 72–106 (2010).

    Артикул Google Scholar

  • 7.

    Olsen, K. & Schaal, B. Микросателлитные вариации маниока ( Manihot esculenta , Euphorbiaceae) и его диких родственников: еще одно свидетельство южноазазонского происхождения одомашнивания. г. Дж. Бот . 88 , 131–142 (2001).

    CAS Статья Google Scholar

  • 8.

    Sanjur, OI, Piperno, DR, Andres, TC & Wessel-Beaver, L. Филогенетические отношения между домашними и дикими видами Cucurbita (Cucurbitaceae), выведенные из митохондриального гена: последствия для эволюции сельскохозяйственных растений и районы происхождения. Proc. Natl Acad. Sci. США 99 , 535–540 (2002).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 9.

    Clement, C. R. et al. Приручение Амазонии до европейского завоевания. Proc. R. Soc. Лондон. В 282 , 20150813 (2015).

  • 10.

    Скальдаферро, М. А., Барбоза, Г. Э. и Акоста, М. С. История эволюции перца чили Capsicum baccatum L.(Solanaceae): одомашнивание в Южной Америке и естественная диверсификация в сезонно засушливых тропических лесах. Biol. J. Linn. Soc . 124 , 466–478 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 11.

    Watling, J. et al. Прямые археологические свидетельства того, что Юго-Западная Амазония была центром раннего приручения растений и производства продуктов питания. PLoS ONE 13 , e0199868 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 12.

    Lombardo, U. et al. Ранние и средние голоценовые занятия охотников-собирателей в Западной Амазонии: скрытые отложения ракушек. PLoS ONE 8 , e72746 (2013).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 13.

    Capriles, J. M. et al. Устойчивый тропический кормодобывание в тропиках от раннего до среднего голоцена в юго-западной Амазонии. Sci. Adv . 5 , eaav5449 (2019).

    ADS Статья Google Scholar

  • 14.

    Hilbert, L. et al. Свидетельства одомашнивания риса в Северной и Южной Америке в середине голоцена. Nat. Ecol. Evol . 1 , 1693–1698 (2017).

    Артикул Google Scholar

  • 15.

    Lombardo, U. et al. Изменение земного покрова в течение голоцена на юго-западе Амазонии, согласно архивам палеопаводков. Глобальная планета. Изменить 174 , 105–114 (2019).

    ADS Статья Google Scholar

  • 16.

    Chandler-Ezell, K., Pearsall, DM & Zeidler, JA Фитолиты корней и клубней, а также крахмальные зерна документ маниока ( Manihot esculenta ) аррорута ( Maranta arundinacea ) и llerén Caline a (. Сайт Real Alto, Эквадор. Экон. Бот . 60 , 103–120 (2006).

    Артикул Google Scholar

  • 17.

    Пиперно Д. Р. Фитолиты (АльтаМира Пресс, 2006).

  • 18.

    Моркоте-Риос, Г., Бернал, Р. и Раз, Л. Фитолиты как инструмент археоботанических, палеоботанических и палеоэкологических исследований в пальмах Амазонки. Бот. J. Linn. Soc . 182 , 348–360 (2016).

    Артикул Google Scholar

  • 19.

    Ханельт П., Баттнер Р. и Мансфельд Р. Энциклопедия сельскохозяйственных и садовых культур Мансфельда (кроме декоративных) (Springer, 2001).

  • 20.

    Смит Б.Д. Первоначальное одомашнивание Cucurbita pepo в Америке 10 000 лет назад. Science 276 , 932–934 (1997).

    CAS Статья Google Scholar

  • 21.

    Пиперно, Д. Р. и Стотерт, К. Э. Фитолитовые свидетельства раннего голоцена Cucurbita одомашнивания на юго-западе Эквадора. Наука 299 , 1054–1057 (2003).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 22.

    Диллехей, Т. и Пиперно, Д. Р. в Кембриджская мировая предыстория (ред. Ренфрю, К. и Бан, П.) 970–985 (Cambridge Univ. Press, 2014).

  • 23.

    Kistler, L. et al. Мультипрокси-данные подчеркивают сложное эволюционное наследие кукурузы в Южной Америке. Наука 362 , 1309–1313 (2018).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 24.

    Rival, L. & McKey, D. Одомашнивание и разнообразие маниока ( Manihot esculenta Crantz ssp. esculenta , Euphorbiaceae). Curr. Антрополь . 49 , 1119–1128 (2008).

    Артикул Google Scholar

  • 25.

    Родригес, Л., Ломбардо, У. и Вейт, Х. Проектирование поднятых в доколумбовой эпохи полей в Льянос-де-Моксос, Боливийская Амазонка: дифференциальная адаптация к местной среде? Дж.Археол. Sci. Репу . 17 , 366–378 (2018).

    Google Scholar

  • 26.

    Макки Д., Кавагнаро Т. Р., Клифф Дж. И Глидоу Р. Дж. С. Химическая экология в связанных человеческих и природных системах: люди, маниок, мультитрофические взаимодействия и глобальные изменения. Химиоэкология 20 , 109–133 (2010).

    CAS Статья Google Scholar

  • 27.

    Джонс, М. в Эволюция диет гомининов (ред. Хаблин, Дж. Дж. И Ричардс, М. П.) 171–180 (Springer, 2009).

  • 28.

    Асейтуно, Ф. Дж. И Лоайза, Н. Истоки и раннее развитие производства пищевых растений и земледелия в тропических лесах Колумбии. J. Anthropol. Археол . 49 , 161–172 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 29.

    Смит Б. Д. Общие закономерности создания ниши и управления ресурсами «диких» растений и животных в небольших доиндустриальных обществах. Фил. Пер. R. Soc. Лондон. В 366 , 836–848 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 30.

    Lombardo, U., May, J.-H. И Вейт, Х. Речная активность в период от среднего до позднего голоцена, лежащая в основе доколумбовой социальной сложности в юго-западной части бассейна Амазонки. Голоцен 22 , 1035–1045 (2012).

    ADS Статья Google Scholar

  • 31.

    Мэннинг, А. Д., Фишер, Дж. И Линденмайер, Д. Б. Разрозненные деревья являются краеугольными камнями и важны для сохранения. Biol. Консерв . 132 , 311–321 (2006).

    Артикул Google Scholar

  • 32.

    Tews, J. et al. Разнообразие видов животных, обусловленное неоднородностью / разнообразием местообитаний: важность краеугольных структур. Дж. Биогеогр . 31 , 79–92 (2004).

    Артикул Google Scholar

  • 33.

    Беркунский И. и др. Оценка использования лесных островов видами попугаев в неотропической саванне. Птичий заповедник. Ecol. 10 , 11 (2015).

    Google Scholar

  • 34.

    Prümers, H. & Jaimes Betancourt, C. 100 años devestigación arqueológica en los Llanos de Mojos. Arqueoantropológicas 4 , 11–53 (2014).

    Google Scholar

  • 35.

    Джанкейра, А. Б., Шепард, Г. Х. и Клемент, К. Р. Дж. Э. Б. Вторичные леса на антропогенных почвах средней реки Мадейры: оценка, местные знания и одомашнивание ландшафта в Бразильской Амазонии. Экон. Бот . 65 , 85–99 (2011).

    CAS Статья Google Scholar

  • 36.

    Ломбардо, У., Канал-Биби, Э. и Вейт, Х. Эко-археологические регионы в боливийской Амазонии: связь доколумбовых земляных работ и разнообразия окружающей среды. Геогр. Helv . 66 , 173–182 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 37.

    Лангстрот Плоткин Р. Биогеография Льянос-де-Моксос: природные и антропогенные детерминанты. Геогр. Helv . 66 , 183–192 (2011).

    Артикул Google Scholar

  • 38.

    Ломбардо, У., Денье, С. и Вейт, Х. Свойства почвы и доколумбовые поселения в районе монументальных курганов Льянос-де-Моксос, Боливийская Амазонка. Почва (Геттинген) 1 , 65–81 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 39.

    Родригес, Л., Ломбардо, У., Канал Биби, Э. и Вейт, Х. Увязка свойств почвы и доколумбовых сельскохозяйственных стратегий в низменностях Боливии: случай приподнятых полей в Эксальтасьоне. Quat. Инт . 437 , 143–155 (2017).

    Артикул Google Scholar

  • 40.

    Бойшадера, Дж., Поч, Р. М., Гарсиа-Гонсалес, М. Т. и Вискайно, К. Гидроморфные и связанные с глиной процессы в почвах Льянос-де-Моксос (северная Боливия). Катена 54 , 403–424 (2003).

    CAS Статья Google Scholar

  • 41.

    Hanagarth, W. Acerca de la Geoecología de las Sabanas del Beni en el Noreste de Bolivia (Instituto de Ecología, 1993).

  • 42.

    Ломбардо, У., Руис-Перес, Дж. И Маделла, М. Обработка ультразвуком повышает эффективность, действенность и безопасность экстракции фитолитов. Rev. Palaeobot. Palynol . 235 , 1–5 (2016).

    Артикул Google Scholar

  • 43.

    Пиперно, Д. Р. Идентификация сельскохозяйственных культур с фитолитами (и крахмальными зернами) в Центральной и Южной Америке: обзор и обновление данных. Quat. Инт . 193 , 146–159 (2009).

    Артикул Google Scholar

  • 44.

    Ириарте, Дж. Оценка возможности идентификации кукурузы посредством анализа крестообразных размеров и трехмерной морфологии фитолитов на лугах на юго-востоке Южной Америки. J. Archaeol. Sci . 30 , 1085–1094 (2003).

    Артикул Google Scholar

  • 45.

    Watling, J. et al.Дифференциация неотропических экосистем современными сообществами почвенных фитолитов и ее значение для палеоэкологических и археологических реконструкций II: леса Юго-Западной Амазонки. Rev. Palaeobot. Palynol . 226 , 30–43 (2016).

    Артикул Google Scholar

  • 46.

    Dickau, R. et al. Дифференциация неотропических экосистем современными сообществами почвенных фитолитов и ее значение для палеоэкологических и археологических реконструкций. Rev. Palaeobot. Palynol . 193 , 15–37 (2013).

    Артикул Google Scholar

  • 47.

    Hogg, A. G. et al. SHCal13 Калибровка Южного полушария, 0–50 000 лет назад. Радиоуглерод 55 , 1889–1903 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 48.

    Бронк Рэмси, К. Байесовский анализ радиоуглеродных дат. Радиоуглерод 51 , 337–360 (2009).

    Артикул Google Scholar

  • 49.

    Piperno, D. R. et al. Фитолиты Cucurbita и других неотропических тыквенных и их встречаемость на ранних археологических памятниках в низинных тропиках Америки. J. Arch. Sci . 27 , 193–208 (2000).

    Артикул Google Scholar

    • Выращивание и функциональная характеристика 79 планктомицетов раскрывает их уникальную биологию

  • 1.

    Виганд, С., Джоглер, М. и Джоглер, К. Об отдельных планктомицетах. FEMS Microbiol. Ред. 42 , 739–760 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 2.

    Wagner, M. & Horn, M. Planctomycetes , Verrucomicrobia , Chlamydiae и сестринские типы составляют суперпрофилы, имеющие биотехнологическое и медицинское значение. Curr. Opin. Biotechnol. 17 , 241–249 (2006).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 3.

    Петерс, С. Х. и ван Нифтрик, Л. Актуальные темы и открытые вопросы в анаэробном окислении аммония. Curr. Opin. Chem. Биол. 49 , 45–52 (2018).

    PubMed Google Scholar

  • 4.

    Jeske, O. et al. Разработка методов использования планктомицетов в качестве продуцентов биоактивных молекул. Фронт. Microbiol. 7 , 1242 (2016).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 5.

    van Teeseling, M. C. F. et al. Anammox Planctomycetes имеет клеточную стенку пептидогликана. Nat. Commun. 6 , 6878 (2015).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 6.

    Jeske, O. et al. Планктомицеты действительно обладают клеточной стенкой пептидогликана. Nat. Commun. 6 , 7116 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 7.

    Boedeker, C. et al. Определение бактериальной клеточной биологии Planctomycetes. Nat. Commun. 8 , 14853 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 8.

    Девос, Д. П. Повторная интерпретация данных о клеточном плане ПВХ подтверждает грамотрицательное происхождение. Антони Ван Левенгук 105 , 271–274 (2014).

    PubMed Google Scholar

  • 9.

    Bondoso, J. et al. Rhodopirellula lusitana sp. ноя и Rhodopirellula rubra sp. nov., изолированные с поверхности макроводорослей. Syst. Прил. Microbiol. 37 , 157–164 (2014).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 10.

    Hirsch, P. & Müller, M. Planctomyces limnophilus sp. nov., пресноводная бактерия со стеблями и почками. Syst. Прил. Microbiol. 6 , 276–280 (1985).

    Google Scholar

  • 11.

    Куличевская И.С. и др. Zavarzinella formosa gen. nov., sp. nov., новый стебельчатый, Gemmata -подобный планктомицет из торфяного болота Сибири. Внутр. J. Syst. Evol. Microbiol. 59 , 357–364 (2009).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 12.

    Джеске О., Джоглер М., Петерсен Дж., Сикорски Дж. И Джоглер К. От анализа генома до фенотипических микрочипов: Planctomycetes как источник новых биоактивных молекул. Антони Ван Левенгук 104 , 551–567 (2013).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 13.

    О’Мэлли, М.А. Корни девятнадцатого века «все повсюду». Nat. Rev. Microbiol. 5 , 647–651 (2007).

    PubMed Google Scholar

  • 14.

    Storesund, JE, Lanzen, A., Garcia-Moyano, A., Reysenbach, AL & Ovreås, L. Характер разнообразия и изоляция Planctomycetes, связанных с металлоносными отложениями, из полей гидротермальных жерл вдоль хребта Валу Фа ( Юго-запад Тихого океана). Антони Ван Левенгук 111 , 841–858 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 15.

    Storesund, J. E. & Ovreås, L. Разнообразие Planctomycetes в отложениях гидроксида железа Срединно-Арктического хребта (AMOR) и описание Bythopirellula goksoyri gen. nov., sp. nov., нов. Planctomycete из глубоководных месторождений гидроксида железа. Антони Ван Левенгук 104 , 569–584 (2013).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 16.

    Ярза П. и др. Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК. Nat. Rev. Microbiol. 12 , 635–645 (2014).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 17.

    Гальперин М.Ю., Кристенсен Д.М., Макарова К.С., Вольф Ю.И., Кунин Э.V. Анализ микробного генома: подход COG. Краткое. Биоинформ. 20 , 1063–1070 (2017).

    PubMed Central Google Scholar

  • 18.

    Гальперин, М. Ю., Макарова, К. С., Вольф, Ю. И., Кунин, Е. В. Расширенный охват микробного генома и улучшенная аннотация семейства белков в базе данных COG. Nucleic Acids Res. 43 , D261 – D269 (2015).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 19.

    Джоглер, К., Глёкнер, Ф. О. и Колтер, Р. Характеристика Planctomyces limnophilus и разработка генетических инструментов для манипуляции с ними сделали его модельным видом для филума Planctomycetes . заявл. Environ. Microbiol. 77 , 5826–5829 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 20.

    Du, S. & Lutkenhaus, J. Сборка и активация Escherichia coli divisome. Мол. Microbiol. 105 , 177–187 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 21.

    Wagstaff, J. & Löwe, J. Прокариотические цитоскелеты: белковые нити, организующие маленькие клетки. Nat. Rev. Microbiol. 16 , 187–201 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 22.

    Jogler, C. et al.Идентификация белков, которые могут быть вовлечены в морфогенез, деление клеток и передачу сигналов у Planctomycetes с помощью сравнительной геномики. J. Bacteriol. 194 , 6419–6430 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 23.

    Pilhofer, M. et al. Характеристика и эволюция генов клеточного деления и синтеза клеточной стенки в бактериальных типах Verrucomicrobia, Lentisphaerae, Chlamydiae и Planctomycetes и филогенетическое сравнение с генами рРНК. J. Bacteriol. 190 , 3192–3202 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 24.

    Rued, B.E. et al. Структура большой внеклеточной петли FtsX и ее взаимодействие с незаменимой пептидогликангидролазой PcsB в Streptococcus pneumoniae . мБио 10 , e02622-18 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 25.

    Fuerst, J. A. & Sagulenko, E. Помимо бактерий: планктомицеты бросают вызов нашим представлениям о микробной структуре и функциях. Nat. Rev. Microbiol. 9 , 403–413 (2011).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 26.

    ван Тизелинг, М. К. Ф., де Педро, М. А. и Кава, Ф. Детерминанты морфологии бактерий: от основ до возможностей для нацеливания противомикробных препаратов. Фронт. Microbiol. 8 , 1264 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 27.

    Ши, Х., Браттон, Б. П., Гитай, З. и Хуанг, К. С. Как построить бактериальную клетку: MreB как руководитель конструкции E. coli . Cell 172 , 1294–1305 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 28.

    Хуссейн, С.и другие. Филаменты MreB выравниваются вдоль наибольшей основной кривизны мембраны, чтобы ориентировать синтез клеточной стенки. eLife 7 , e32471 (2018).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 29.

    Waidner, B. et al. Новая система цитоскелетных элементов патогена человека Helicobacter pylori . PLoS Pathog. 5 , e1000669 (2009).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 30.

    Jacquier, N., Viollier, P.H. & Greub, G. Роль пептидогликана в делении хламидийных клеток: к разрешению хламидийной аномалии. FEMS Microbiol. Ред. 39 , 262–275 (2015).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 31.

    Уэллетт, С. П., Каримова, Г., Субтил, А. и Ладант, Д. Chlamydia кооптирует белки MreB и Pbp2, определяющие форму палочек, для деления клеток. Мол.Microbiol. 85 , 164–178 (2012).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 32.

    Jacquier, N., Frandi, A., Pillonel, T., Viollier, P.H. и Greub, G. Предшественники клеточной стенки необходимы для организации перегородки хламидийного деления. Nat. Commun. 5 , 3578 (2014).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 33.

    Гальперин, М.Ю. Какие бактерии хотят. Environ. Microbiol. 20 , 4221–4229 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 34.

    Jacob-Dubuisson, F., Mechaly, A., Betton, J.-M. И Антуан, Р. Структурное понимание сигнальных механизмов двухкомпонентных систем. Nat. Rev. Microbiol. 16 , 585–593 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 35.

    Campagne, S., Allain, F. H. & Vorholt, J. A. Сигма-факторы дополнительной цитоплазматической функции, недавние структурные открытия в области распознавания и регуляции промоторов. Curr. Opin. Struct. Биол. 30 , 71–78 (2015).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 36.

    Гальперин, М. Ю., Макарова, К. С., Вольф, Ю. И., Кунин, Е. В. Филетическое распределение и клоноспецифические доменные архитектуры двухкомпонентных систем передачи сигналов архей. J. Bacteriol. 200 , e00681-17 (2018).

  • 37.

    Mascher, T. Разнообразие сигналов и эволюция сигма-факторов экстрацитоплазматической функции (ECF). Curr. Opin. Microbiol. 16 , 148–155 (2013).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 38.

    Staron, A. et al. Третий столп бактериальной передачи сигнала: классификация семейства белков сигма-фактора экстрацитоплазматической функции (ECF). Мол. Microbiol. 74 , 557–581 (2009).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 39.

    Хуанг, X., Пинто, Д., Фриц, Г. и Машер, Т. Зондирование окружающей среды у Actinobacteria : всестороннее исследование сигнальной способности этого типа. J. Bacteriol. 197 , 2517–2535 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 40.

    Пинто, Д. и Машер, Т. в Стресс и экологическая регуляция экспрессии генов и адаптации бактерий (ред. Ф. Дж. Де Брюйн), гл. 2.6 (Wiley – Blackwell, 2016).

  • 41.

    Bayer-Santos, E. et al. Xanthomonas citri T6SS обеспечивает устойчивость к хищничеству Dictyostelium и регулируется σ-фактором ECF и родственной киназой Ser / Thr. Environ. Microbiol. 20 , 1562–1575 (2018).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 42.

    Castro, A. N., Lewerke, L. T., Hastle, J. L. & Ellermeier, C. D. Сигнальная пептидаза необходима и достаточна для сайта 1 расщепления RsiV в Bacillus subtilis в ответ на лизоцим. J. Bacteriol. 200 , e00663-17 (2018).

  • 43.

    Траканна, В., де Йонг, А., Медема, М. Х. и Койперс, О. П. Добыча антимикробных соединений на прокариотах: от разнообразия к функциям. FEMS Microbiol. Ред. 41 , 417–442 (2017).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 44.

    Calisto, R. et al. Противораковая активность планктомицетов. Фронт. Mar. Sci. 5 , 499 (2019).

    Google Scholar

  • 45.

    Cimermancic, P. et al. Понимание вторичного метаболизма на основе глобального анализа кластеров генов биосинтеза прокариот. Cell 158 , 412–421 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 46.

    Medema, M. H. et al. Минимум информации о кластере биосинтетических генов. Nat. Chem. Биол. 11 , 625–631 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 47.

    Navarro-Muñoz, J. et al. Вычислительная структура для систематического изучения биосинтетического разнообразия на основе крупномасштабных геномных данных.Препринт bioRxiv https://www.biorxiv.org/content/10.1101/445270v1 (2018).

  • 48.

    Weber, T. et al. antiSMASH 3.0 — исчерпывающий ресурс для анализа генома кластеров биосинтетических генов. Nucleic Acids Res. 43 , W237 – W243 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 49.

    Kohn, T. et al. Fuerstia marisgermanicae gen. nov., sp.nov., необычный представитель филума Planctomycetes из Немецкого Ваттового моря. Фронт. Microbiol. 7 , 2079 (2016).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 50.

    Обербекманн, С., Крайкемейер, Б. и Лабренц, М. Факторы окружающей среды способствуют образованию специфических скоплений бактерий на микропластике. Фронт. Microbiol. 8 , 2709 (2018).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 51.

    Sipkema, D. et al. Множественные подходы к увеличению культивирования бактерий, связанных с морской губкой Haliclona (gellius) sp. заявл. Environ. Microbiol. 77 , 2130–2140 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 52.

    Rast, P. et al. Три новых вида с клеточными стенками пептидогликана образуют новый род Lacunisphaera gen. ноя в семействе Opitutaceae веррукомикробного подразделения 4. Фронт. Microbiol. 8 , 202 (2017).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 53.

    Schlesner, H. Разработка сред, подходящих для микроорганизмов, морфологически похожих на Planctomyces spp., Pirellula spp. И другие Planctomycetales из различных водных сред с использованием разбавленных сред. Syst. Прил. Microbiol. 17 , 135–145 (1994).

    Google Scholar

  • 54.

    Лаге, О. М. и Бондосо, Дж. Выведение Planctomycetes в чистую культуру. Фронт. Microbiol. 3 , 405 (2012).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 55.

    Pascual, J. et al. Roseisolibacter agri gen. nov., sp. nov., новый медленнорастущий представитель недостаточно представленного типа Gemmatimonadetes . Внутр. J. Syst. Evol. Microbiol. 68 , 1028–1036 (2018).

    PubMed Google Scholar

  • 56.

    van Kessel, M.A.H.J. et al. Полная нитрификация одним микроорганизмом. Природа 528 , 555–559 (2015).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 57.

    Болджер, А. М., Лозе, М. и Усадель, Б. Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательности Illumina. Биоинформатика 30 , 2114–2120 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 58.

    O’Connell, J. et al. NxTrim: оптимизированная обрезка показаний сопряженной пары Illumina. Биоинформатика 31 , 2035–2037 (2015).

    PubMed Google Scholar

  • 59.

    Wingett, S. W. & Andrews, S. Экран FastQ: инструмент для мультигеномного картирования и контроля качества. F1000Res . 7 , 1338 (2018).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 60.

    Шмидер Р. и Эдвардс Р. Контроль качества и предварительная обработка наборов метагеномных данных. Биоинформатика 27 , 863–864 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 61.

    Magoc, T. & Salzberg, S.L. FLASH: быстрая корректировка длины коротких чтений для улучшения сборки генома. Биоинформатика 27 , 2957–2963 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 62.

    Банкевич А. и др. SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток. J. Comput. Биол. 19 , 455–477 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 63.

    Зербино, Д. Р. и Бирни, Э. Вельвет: алгоритмы для сборки короткого чтения de novo с использованием графов де Брейна. Genome Res. 18 , 821–829 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 64.

    Li, H. & Durbin, R. Быстрое и точное согласование коротких считываний с помощью преобразования Барроуза – Уиллера. Биоинформатика 25 , 1754–1760 (2009).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 65.

    Koboldt, D.C. et al. VarScan 2: открытие соматических мутаций и изменения числа копий при раке путем секвенирования экзома. Genome Res. 22 , 568–576 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 66.

    McKenna, A. et al. Набор инструментов для анализа генома: структура mapreduce для анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения. Genome Res. 20 , 1297–1303 (2010).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 67.

    Антипов Д., Коробейников А., Маклин Дж. С. и Певзнер П. A. hybridSPAdes: алгоритм гибридной сборки коротких и длинных чтений. Биоинформатика 32 , 1009–1015 (2016).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 68.

    Бетцер, М., Хенкель, К. В., Янсен, Х. Дж., Батлер Д. и Пировано В. Строительные леса предварительно собрали контиги с использованием SSPACE. Биоинформатика 27 , 578–579 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 69.

    Paulino, D. et al. Sealer: масштабируемое приложение, закрывающее пробелы, для завершения черновых геномов. BMC Bioinform. 16 , 230 (2015).

    Google Scholar

  • 70.

    Bosi, E. et al. MeDuSa: строительные леса на основе многотходовой конструкции. Биоинформатика 31 , 2443–2451 (2015).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 71.

    Грин М. Р. и Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование: лабораторное руководство . 4-е изд (издательство Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012).

  • 72.

    Паркс, Д. Х., Имелфорт, М., Скеннертон, К. Т., Хугенгольц, П. и Тайсон, Г. В. CheckM: оценка качества микробных геномов, полученных из изолятов, одиночных клеток и метагеномов. Genome Res. 25 , 1043–1055 (2015).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 73.

    Гуревич, А., Савельев, В., Вяххи, Н. и Теслер, Г. QUAST: инструмент оценки качества сборки генома. Биоинформатика 29 , 1072–1075 (2013).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 74.

    Робинсон, Дж. Т. и др. Программа просмотра интегративной геномики. Nat. Biotechnol. 29 , 24–26 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 75.

    Langmead, B. & Salzberg, S.L. Быстрое выравнивание по пробелам и считыванию с помощью галстука-бабочки 2. Nat. Методы 9 , 357–359 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 76.

    Seemann, T. Prokka: быстрая аннотация прокариотического генома. Биоинформатика 30 , 2068–2069 (2014).

    CAS Google Scholar

  • 77.

    Michaelis, W. et al. Микробные рифы в Черном море подпитываются анаэробным окислением метана. Наука 297 , 1013–1015 (2002).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 78.

    Meyerdierks, A. et al. Понимание геномов архей, опосредующих анаэробное окисление метана. Environ. Microbiol. 7 , 1937–1951 (2005).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 79.

    Meyerdierks, A. et al. Анализ экспрессии метагенома и мРНК анаэробных метанотрофных архей группы ANME-1. Environ. Microbiol. 12 , 422–439 (2010).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 80.

    Muyzer, G., Teske, A., Wirsen, C.O. & Jannasch, H. W. Филогенетические отношения видов Thiomicrospira и их идентификация в образцах глубоководных гидротермальных источников с помощью денатурирующего градиентного гель-электрофореза фрагментов 16S рДНК. Arch. Microbiol. 164 , 165–172 (1995).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 81.

    Yilmaz, P. et al. Таксономические рамки SILVA и «Проект живого дерева всех видов (LTP)». Nucleic Acids Res. 42 , D643 – D648 (2014).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 82.

    Прюсс, Э., Пеплис, Дж. И Глёкнер, Ф. О. SINA: точное высокопроизводительное выравнивание множественных последовательностей генов рибосомной РНК. Биоинформатика 28 , 1823–1829 (2012).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 83.

    Прайс, М. Н., Дехал, П. С. и Аркин, А. П. FastTree 2 — деревья приблизительно максимального правдоподобия для больших выравниваний. PloS ONE 5 , e9490 (2010).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 84.

    Летуник И. и Борк П. Интерактивное древо жизни (iTOL) v4: последние обновления и новые разработки. Nucleic Acids Res. 1 , gkz239 (2019).

    Google Scholar

  • 85.

    Марковиц, В. М. и др. IMG: интегрированная база данных микробных геномов и система сравнительного анализа. Nucleic Acids Res. 40 , D115 – D122 (2012).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 86.

    Lechner, M. et al. Proteinortho: обнаружение (ко) ортологов в крупномасштабном анализе. BMC Bioinform. 12 , 124 (2011).

    Google Scholar

  • 87.

    Edgar, R.C. MUSCLE: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой пропускной способностью. Nucleic Acids Res. 32 , 1792–1797 (2004).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 88.

    Castresana, J. Выбор консервативных блоков из нескольких выравниваний для их использования в филогенетическом анализе. Мол. Биол. Evol. 17 , 540–552 (2000).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 89.

    Стаматакис, А. RAxML версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа крупных филогений. Биоинформатика 30 , 1312–1313 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 90.

    Ронквист, Ф. и Хуэльсенбек, Дж. П. MrBayes 3: Байесовский филогенетический вывод в смешанных моделях. Биоинформатика 19 , 1572–1574 (2003).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 91.

    R: язык и среда для статистических вычислений (R Foundation for Statistical Computing, 2017).

  • 92.

    Паради, Э., Клод, Дж. И Стриммер, К. APE: анализ филогенетики и эволюции на языке R. Биоинформатика 20 , 289–290 (2004).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 93.

    Родригес-Р., Л. М. и Константинидис, К. Т. Коллекция энвеомики: набор инструментов для специализированного анализа микробных геномов и метагеномов.Препринт на PeerJ Prepr . 4 , e1900v1901 (2016).

  • 94.

    Скорнавакка, К., Берри, В., Лефорт, В., Дузери, Э. Дж. И Ранвез, В. PhySIC_IST: очистка исходных деревьев для вывода более информативных супердеревьев. BMC Bioinform. 9 , 413 (2008).

    Google Scholar

  • 95.

    Lagkouvardos, I. et al. IMNGS: всеобъемлющий открытый ресурс обработанных микробных профилей 16S рРНК для исследований экологии и разнообразия. Sci. Отчет 6 , 33721 (2016).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 96.

    Каас, Р. С., Фриис, К., Уссери, Д. В. и Ареструп, Ф. М. Оценка вариабельности генов и вывод филогении 186 секвенированных разнообразных геномов Escherichia coli . BMC Genom. 13 , 577 (2012).

    CAS Google Scholar

  • 97.

    Кунин Э. В. и Вольф Ю. И. Геномика бактерий и архей: новый динамический взгляд на мир прокариот. Nucleic Acids Res. 36 , 6688–6719 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 98.

    Huerta-Cepas, J. et al. eggNOG 4.5: иерархическая структура ортологии с улучшенными функциональными аннотациями для эукариотических, прокариотических и вирусных последовательностей. Nucleic Acids Res. 44 , D286 – D293 (2016).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 99.

    Jones, P. et al. InterProScan 5: классификация функций белков в масштабе генома. Биоинформатика 30 , 1236–1240 (2014).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 100.

    Marchler-Bauer, A. et al. CDD / SPARCLE: функциональная классификация белков по архитектуре подсемейных доменов. Nucleic Acids Res. 45 , D200 – D203 (2017).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 101.

    Ингерсон-Махар, М. и Гитай, З. Растущая семья: расширяющаяся вселенная бактериального цитоскелета. FEMS Microbiol. Ред. 36 , 256–266 (2012).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 102.

    Грауман, П. Л. Элементы цитоскелета у бактерий. Annu. Rev. Microbiol. 61 , 589–618 (2007).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 103.

    Finn, R. D. et al. База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Nucleic Acids Res. 44 , D279 – D285 (2016).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 104.

    Эдди, С. Р. Ускоренный поиск профилей HMM. PLoS Comp. Биол. 7 , e1002195 (2011).

    CAS Google Scholar

  • 105.

    Marchler-Bauer, A. et al. CDD: база данных консервативных выравниваний доменов со ссылками на трехмерную структуру домена. Nucleic Acids Res. 30 , 281–283 (2002).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 106.

    Альтшул, С.Ф., Гиш, В., Миллер, В., Майерс, Э. У. и Липман, Д. Дж. Базовый инструмент поиска локального выравнивания. J. Mol. Биол. 215 , 403–410 (1990).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 107.

    Hoang, TT, Karkhoff-Schweizer, RR, Kutchma, AJ & Schweizer, HP Система рекомбинации Flp- FRT с широким диапазоном хозяев для сайт-специфического вырезания последовательностей ДНК, расположенных в хромосоме: приложение для выделение немаркированных мутантов Pseudomonas aeruginosa . Gene 212 , 77–87 (1998).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 108.

    Herrero, M., de Lorenzo, V. & Timmis, K. N. Транспозонные векторы, содержащие селективные маркеры устойчивости к антибиотикам, для клонирования и стабильной хромосомной вставки чужеродных генов в грамотрицательные бактерии. J. Bacteriol. 172 , 6557–6567 (1990).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 109.

    Ривас-Марин, Э., Каноса, И., Сантеро, Э. и Девос, Д. П. Разработка генетических инструментов для манипулирования планктомицетами. Фронт. Microbiol. 7 , 914 (2016).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 110.

    Krzywinski, M. I. et al. Circos: эстетика информации для сравнительной геномики. Genome Res. 19 , 1639–1645 (2009).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 111.

    Shannon, P. et al. Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия. Genome Res. 13 , 2498–2504 (2003).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 112.

    Притчард, Л., Гловер, Р. Х., Хамфрис, С., Эльфинстон, Дж. Дж. И Тот, И. К. Геномика и таксономия в диагностике для обеспечения продовольственной безопасности: патогены энтеробактериальных растений мягкого гниения. Анал. Методы 8 , 12–24 (2016).

    Google Scholar

  • 113.

    Hyatt, D. et al. Блудный: узнавание прокариотических генов и идентификация сайта инициации трансляции. BMC Bioinform. 11 , 119 (2010).

    Google Scholar

  • 114.

    Lagesen, K. et al. RNAmmer: последовательная и быстрая аннотация генов рибосомной РНК. Nucleic Acids Res. 35 , 3100–3108 (2007).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 115.

    Гальперин, М. Ю. Перепись мембраносвязанных и внутриклеточных белков передачи сигнала у бактерий: IQ бактерий, экстравертов и интровертов. BMC Microbiol. 5 , 35 (2005).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 116.

    Финн Р. Д., Клементс Дж. И Эдди С. Р. Веб-сервер HMMER: интерактивный поиск сходства последовательностей. Nucleic Acids Res. 39 , W29 – W37 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 117.

    Sievers, F. et al. Быстрое и масштабируемое создание высококачественного выравнивания множественных последовательностей белков с помощью Clustal Omega. Мол. Syst. Биол. 7 , 539 (2011).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 118.

    Gomez-Santos, N., Perez, J., Sanchez-Sutil, M.C., Moraleda-Munoz, A. & Munoz-Dorado, J. CorE из Myxococcus xanthus представляет собой медьзависимый сигма-фактор РНК-полимеразы. PLoS Genet. 7 , e1002106 (2011).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 119.

    Зоннхаммер, Э. Л., фон Хейне, Г. и Крог, А. Скрытая марковская модель для прогнозирования трансмембранных спиралей в белковых последовательностях. Proc. Int. Конф. Intell. Syst. Мол. Биол. 6 , 175–182 (1998).

    CAS PubMed Google Scholar

    • Перейти к основному содержанию Поиск